Program Usaha Kesehatan Sekolah (UKS) SMP Negeri 9 Surabaya merupakan bagian integral dari program pendidikan nasional yang bertujuan untuk meningkatkan derajat kesehatan dan membentuk perilaku hidup bersih dan sehat (PHBS) murid.

Adapun, program UKS di SMP Negeri 9 Surabaya meliputi:
1. Pendidikan Kesehatan: Memberikan pengetahuan dan keterampilan tentang kesehatan kepada siswa melalui berbagai kegiatan, seperti penyuluhan, pelatihan, dan lomba
2. Pelayanan Kesehatan: Memberikan pelayanan kesehatan dasar kepada siswa, seperti pemeriksaan kesehatan, pengobatan ringan, dan rujukan
3. Pembinaan Lingkungan Sekolah Sehat: Menciptakan lingkungan sekolah yang bersih, sehat, dan aman, melalui kegiatan seperti pengelolaan sampah, penghijauan, dan penyediaan sarana sanitasi yang memadai